在古生物學理論中，間斷平衡論是針對傳統(tǒng)的漸變論而提出的，它在基本指導思想、理論基礎和方法論上都與傳統(tǒng)的漸變論有明顯區(qū)別。首先，間斷平衡論是建立在突變與漸變辯證統(tǒng)一的基礎上的。它認為生物演化有兩種過程，大多數(shù)物種的形成是在地質(zhì)上可以忽視不計的短時間內(nèi)完成，即成種作用（speciation）過程。物種形成以后經(jīng)歷一個長時期的相對穩(wěn)定階段，在選擇作用下發(fā)生十分緩慢的變異，即種系漸變（phyletic evolution）過程。成種作用是產(chǎn)生種及種以上分類單元迅速變異的宏進化（macroevolution），種系漸變是產(chǎn)生種內(nèi)變異的微演化（microevolution），雖然微演化有時也可以產(chǎn)生漸變種。第二，間斷平衡論認為突變成種作用是演化的主要力量，種系漸變雖然亦可以產(chǎn)生新種，但其產(chǎn)生的變異量（或演化量）很小。第三，對于成種作用過程，間斷平衡論強調(diào)突變是成種的原動力，但突變成種方式最初是隨機的；地理隔離是產(chǎn)生成種作用的必要因素。不過它也提出，新種的最終形成亦是自然選擇的結(jié)果。 間斷平衡論的產(chǎn)生是自然科學發(fā)展的必然結(jié)果，它是建立在大量基礎資料的積累和重新認識、有關自然科學和理論的深入發(fā)展和新興成果的基礎上的，包括20世紀50年代后地質(zhì)學、古生物學及自然科學中突變論在自然科學發(fā)展中地位逐步被客觀認識；基礎遺傳科學中基因突變學說和中性突變--隨機漂變假說的認識和研究成果；以及生物學和古生物學中積累的大量地理隔離突變種的材料。

間斷平衡論的產(chǎn)生，使許多重要的自然現(xiàn)象和一些長期不能得到合理解答的問題得到比較完滿的解釋：①化石記錄不完備性的重新審視。間斷平衡論認為，雖然化石記錄的不完備性使我們不能夠了解各類演化的細節(jié)，但已有的資料已足以反應演化的總貌及其規(guī)律。無須將大量演替類別間少見的中間過渡類型歸咎于化石記錄的不完備性，因為種及種以上的單位是突變產(chǎn)生的，中間環(huán)節(jié)不一定存在，或者它們很稀少而難以被發(fā)現(xiàn)。②適應輻射是地質(zhì)上各時代開始時生物門類演化發(fā)展的普遍現(xiàn)象，如白堊紀末的古獸類輻射出早第三紀有胎盤類哺乳動物20余目；寒武紀初的生物大爆炸現(xiàn)象等用傳統(tǒng)漸變論的種系成種速度無論如何都難以解釋。而這種短期內(nèi)大量分支成種卻正是間斷平衡論的觀點。③間斷平衡論強調(diào)分支成種作用，解釋了實際工作中普遍發(fā)現(xiàn)的，在一個連續(xù)剖面上很難看到化石由下而上漸變過渡的現(xiàn)象。④傳統(tǒng)漸變論對活化石如海豆芽（Lingula），鱟（Limulus）等的解釋是由于它們適應的環(huán)境長期未變。而間斷平衡論則認為它們能長期保持不變是因為沒有隔離，它們是廣相產(chǎn)物。

間斷平衡論的產(chǎn)生是針對傳統(tǒng)的漸變論的，是作為生物演變的基本理論。因此它的提出立即在自然科學界產(chǎn)生重大反饋。雖然大量事實使得絕大多數(shù)學者不同程度地接受了間斷平衡論，但間斷平衡論仍面臨著漸變論和神學特創(chuàng)論的嚴峻挑戰(zhàn)，還需要在突變與漸變辯證統(tǒng)一的演化過程中不斷充實和發(fā)展，需要尋求更多有說服力的實際材料，以確立其在自然科學中作為基礎理論的地位。

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