一是大量赤潮生物集聚于魚類的鰓部，使魚類因缺氧而窒息死亡；
二是赤潮生物死亡后，藻體在分解過程中大量消耗水中的溶解氧，導(dǎo)致魚類及其它海洋生物因缺氧死亡，使海洋的正常生態(tài)系統(tǒng)遭到嚴(yán)重的破壞；
三是魚類吞食大量有毒藻類，可致魚類死亡；
四是有些藻類可分泌毒素，毒素通過食物鏈嚴(yán)重威脅消費(fèi)者的健康和生命安全。
赤潮發(fā)生后，除海水變成紅色外，同時(shí)海水的pH值也會(huì)升高，粘稠度增加，非赤潮藻類的浮游生物會(huì)死亡、衰減；赤潮藻也因爆發(fā)性增殖、過度聚集而大量死亡。造成以下危害：
破壞生態(tài)平衡
海洋是一種生物與環(huán)境、生物與生物之間相互依存，相互制約的復(fù)雜生態(tài)系統(tǒng)。系統(tǒng)中的物質(zhì)循環(huán)、能量流動(dòng)都是處于相對(duì)穩(wěn)定，動(dòng)態(tài)平衡的。當(dāng)赤潮發(fā)生時(shí)這種平衡遭到干擾和破壞。在植物性赤潮發(fā)生初期，由于植物的光合作用，水體會(huì)出現(xiàn)高葉綠素a、高溶解氧、高化學(xué)耗氧量。這種環(huán)境因素的改變，致使一些海洋生物不能正常生長(zhǎng)、發(fā)育、繁殖，導(dǎo)致一些生物逃避甚至死亡，破壞了原有的生態(tài)平衡。
破壞漁業(yè)
赤潮破壞魚、蝦、貝類等資源的主要原因是：
1．破壞漁場(chǎng)的餌料基礎(chǔ)，造成漁業(yè)減產(chǎn)。
2．赤潮生物的異常發(fā)展繁殖，可引起魚、蝦、貝等經(jīng)濟(jì)生物瓣機(jī)械堵塞，造成這些生物窒息而死。
3．赤潮后期，赤潮生物大量死亡，在細(xì)菌分解作用下，可造成環(huán)境嚴(yán)重缺氧或者產(chǎn)生硫化氫等有害物質(zhì)，使海洋生物缺氧或中毒死亡。
4．有些赤潮的體內(nèi)或代謝產(chǎn)物中含有生物毒素，能直接毒死魚、蝦、貝類等生物。
影響健康
有些赤潮生物分泌赤潮毒素，當(dāng)魚、貝類處于有毒赤潮區(qū)域內(nèi)，攝食這些有毒生物，雖不能被毒死，但生物毒素可在體內(nèi)積累，其含量大大超過食用時(shí)人體可接受的水平。這些魚蝦、貝類如果不慎被人食用，就引起人體中毒，嚴(yán)重時(shí)可導(dǎo)致死亡。
由赤潮引發(fā)的赤潮毒素統(tǒng)稱貝毒，暫時(shí)確定有10余種貝毒其毒素比眼鏡蛇毒素高80倍，比一般的麻醉劑，如普魯卡因、可卡因還強(qiáng)10萬多倍。貝毒中毒癥狀為：初期唇舌麻木，發(fā)展到四肢麻木，并伴有頭暈、惡心、胸悶、站立不穩(wěn)、腹痛、嘔吐等，嚴(yán)重者出現(xiàn)昏迷，呼吸困難。赤潮毒素引起人體中毒事件在世界沿海地區(qū)時(shí)有發(fā)生。據(jù)統(tǒng)計(jì)，全世界因赤潮毒素的貝類中毒事件約300多起，死亡300多人。
赤潮是在特定環(huán)境條件下產(chǎn)生的，相關(guān)因素很多，但其中一個(gè)極其重要的因素是海洋污染。大量含有各種含氮有機(jī)物的廢污水排入海水中，促使海水富營(yíng)養(yǎng)化，這是赤潮藻類能夠大量繁殖的重要物質(zhì)基礎(chǔ)。國內(nèi)外大量研究表明，海洋浮游藻是引發(fā)赤潮的主要生物，在全世界4000多種海洋浮游微藻中有260多種能形成赤潮，其中有70多種能產(chǎn)生毒素。他們分泌的毒素有些可直接導(dǎo)致海洋生物大量死亡，有些甚至可以通過食物鏈傳遞，造成人類食物中毒。
至2008年為止，世界上已有30多個(gè)國家和地區(qū)不同程度地受到過赤潮的危害，日本是受害最嚴(yán)重的國家之一。近十幾年來，由于海洋污染日益加劇，中國赤潮災(zāi)害也有加重的趨勢(shì)，由分散的少數(shù)海域，發(fā)展到成片海域，一些重要的養(yǎng)殖基地受害尤重。對(duì)赤潮的發(fā)生、危害予以研究和防治，涉及到生物海洋學(xué)、化學(xué)海洋學(xué)、物理海洋學(xué)和環(huán)境海洋學(xué)等多種學(xué)科，是一項(xiàng)復(fù)雜的系統(tǒng)工程。
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