另一方面還要注意到：酸化土壤游離出來的金屬離子隨水分運動進入湖泊又影響到淡水生態(tài)系統(tǒng)，所以需要密切關(guān)注酸雨沉降到地面后的影響過程。
科學(xué)家曾經(jīng)試驗給植物澆酸水，只要水的pH值低到3以下，水稻、松樹、向日葵等葉子表面就會出現(xiàn)壞死斑點；顯微鏡下觀察葉子表面的毛孔和氣孔都受到損害，嚴(yán)重影響光合作用。而且酸水奪去了植物體內(nèi)的鈣鎂等物質(zhì)使植物逐漸衰弱。植物葉子變黃就是因為鎂不足，葉綠素難以合成的緣故。松樹等針葉樹所以對酸雨特別敏感，是因為針葉樹全年不落葉，酸雨造成的損害會在針葉中逐年積累起來。酸雨還可使農(nóng)作物大幅度減產(chǎn)。例如，冬小麥在pH為3.5的酸雨影響下將減產(chǎn)13.7％，pH為2.5時更減產(chǎn)34％。大豆和蔬菜也易受酸雨危害，使產(chǎn)量和質(zhì)量(蛋白質(zhì)含量)下降。在歐洲大陸的最北部北極圈附近地區(qū)，許多地區(qū)的苔蘚和地衣因酸雨而消失，所以出現(xiàn)了地衣沙漠的名詞?？墒翘μ\地衣是當(dāng)?shù)伛Z鹿的冬季主要食物，這就影響到馴鹿的生存、數(shù)量、食物鏈和生態(tài)平衡。
另外一個嚴(yán)重問題是，酸雨還使土壤中的鋁、汞等十分有害的金屬離子游離出來。這不僅對陸地植物，而且對水生的動植物都是十分有害的。歐洲和北美幾千個湖泊魚類滅絕成為死湖，這是一個重要原因。所以過去加拿大等國家曾試驗在湖中和農(nóng)田中加石灰中和酸性，但是湖中魚仍不能存活，農(nóng)田施用石灰有些情況下也不起作用，主要就是因為湖水和土壤中因酸化溶出的金屬鋁、銅、鋅、鎳等離子毒性并沒有消失的緣故。現(xiàn)今歐洲已有30％的森林因酸雨而退化；酸雨造成美國75％的湖泊和大約一半的河流酸化；加拿大43％的土地已對酸雨高度敏感，有14000個湖泊是酸性的。
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